V čele fakulty stojí děkan, který jedná a rozhoduje ve věcech fakulty. Děkan zastupuje a reprezentuje fakultu jak směrem dovnitř, zejména vůči vedení univerzity a akademickému senátu univerzity, tak navenek vůči veřejnosti, státním institucím i soukromým subjektům. Děkana jmenuje na návrh akademického senátu fakulty rektor, přičemž jeho funkční období je čtyřleté.

Děkan zejména:

• zastupuje VUT a jedná jeho jménem ve věcech fakulty, v oblastech, které mu svěřuje zákon nebo Statut VUT,
• má široké rozhodovací pravomoci a odpovědnosti v záležitostech fakulty ve všech oblastech, zejména co se týče pracovněprávních vztahů, vnitřní organizace fakulty, financování a hospodaření fakulty, správy majetku svěřeného fakultě, oblasti studijní, oblasti zahraničních styků a aktivit atd.,
• jmenuje a odvolává proděkany, kteří ho zastupují v jím určeném rozsahu,
• jmenuje a odvolává tajemníka, který v jím stanoveném rozsahu řídí hospodaření a vnitřní správu fakulty,
• jmenuje a odvolává členy vědecké rady a disciplinární komise, přičemž zastává funkci předsedy vědecké rady fakulty.